补充协议在缺失主合同时，法律上如何认定其有

补充协议在缺失主合同时，通常无效。依据《民法典》等，无主合同的补充协议缺乏基础，可能无效。不及时处理可能导致权益受损，无法律保障。
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处理此类问题，常见方式有确认主合同存在、协商补签或寻求法律救济。应根据具体情况选择，如主合同确实丢失，应尽快与对方协商补签或寻求法律途径确认合同内容。
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补充协议缺主合同无效。处理操作：1.确认主合同是否确实丢失，如丢失尝试找回；2.若无法找回，与对方协商补签主合同或补充协议；3.若协商无果，考虑通过法律途径确认合同效力或寻求救济。